轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某種功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，目前該測序技術主要針對mRNA。轉錄組測序技術在檢測基因表達水平變化的同時，還能發現稀有轉錄本，精確地識別可變剪切位點、基因融合，提供最全面的轉錄組信息。通過高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息，已廣泛應用于物種遺傳發育、改良，分子育種研究。