Stereo-seq Chip是用于mRNA定位的芯片，芯片上布滿了以規則陣列形式排布的DNA納米球（DNA Nano Ball）。對固定在芯片上的DNB進行測序得到序列與坐標位置Coordinate ID（CID）一一對應的信息，后續即可通過這一映射關系將芯片捕獲到的mRNA進行空間位置的還原。序列與CID的映射關系以h5格式文件儲存，即為Mask文件。Mask文件不能直接打開，需要使用Stereo-seq分析流程軟件包（Stereo-seq Analysis Workflow, SAW）進行處理。