Stereo-seq分析流程軟件包（Stereo-seq Analysis Workflow, SAW）整合了多個Stereo-seq空間組基因表達分析工具，這些工具可用于還原以及可視化測序數據在芯片上的空間表達信息。Stereo-seq原始測序數據經SAW分析后，得到可以用于下游分析的空間表達矩陣。

主要功能：

1. 圖像預處理

基于track線對顯微鏡的小圖文件進行拼接，同時也會進行初步組織分割和細胞分割。

2. 數據過濾

對低質量的序列、無法比對到CID序列、無法比對到外顯子區域序列、多比對序列以及重復序列分別進行嚴格過濾篩選。

3. 獲取表達矩陣

經過數控的序列最終根據比對信息，生成基因表達矩陣，同時也會生成不同bin下的表達矩陣的表達矩陣。

4. 圖像配準與組織分割

分割非組織覆蓋區域的基因表達數據，去除背景噪音。通過圖像配準以及組織分割，最終可準確保留下組織區域的表達信號。

5. 空間聚類

該模塊基于組織分割得到的表達矩陣進行細胞無監督聚類，展示不同的細胞類型在空間上的分布。

SAW流程圖

SAW流程生成的分析報告